แนวโน้มการจัดตั้งธุรกิจเพื่อดำเนินธุรกิจในรูปของห้างหุ้นส่วนนิติบุคคล บริษัทจำกัด บริษัทมหาชนจำกัด และนิติบุคคลในรูปแบบอื่น ได้มีการจัดตั้งมากขึ้นเรื่อย ๆ ตามอัตราการเจริญเติบโตของเศรษฐกิจและ ด้วยระบบการจัดทำบัญชีและระบบการตรวจสอบบัญชีมีความเป็นสากลมากขึ้น ซึ่งการตรวจสอบของนิติบุคคลจะต้องดำเนินการตรวจสอบโดยบุคคลภายนอกธุรกิจ นั่นก็คือ ผู้สอบบัญชีรับอนุญาต และต้องมีความอิสระจากธุรกิจที่ตรวจสอบ แต่ด้วยจำนวนผู้สอบบัญชีรับอนุญาตมีจำนวนที่ไม่มาก และการเพิ่มขึ้นของผู้สอบบัญชีรับอนุญาตในแต่ละปี ไม่เพียงพอกับการเพิ่มขึ้นของจำนวนธุรกิจที่มีการจัดตั้งเพิ่มขึ้น ด้วยเหตุนี้กระทรวงพาณิชย์ อาศัยพระราชบัญญัติการบัญชี พ.ศ. 2543 ได้ออกกฎกระทรวงว่าด้วยการยกเว้นไม่ต้องจัดให้งบการเงินได้รับการตรวจสอบ และแสดงความเห็นโดยผู้สอบบัญชีรับอนุญาต พ.ศ. 2544 ซึ่งกำหนดให้ธุรกิจขนาดเล็กไม่ต้องผ่านการตรวจสอบในการจัดทำงบการเงิน โดยให้บังคับใช้สำหรับงบการเงินที่มีรอบบัญชีสิ้นสุดวันที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2545 เป็นต้นไป ดังนั้น เพื่อประโยชน์แห่งการจัดเก็บภาษีอากรตามประมวลรัษฎากร ทางกรมสรรพากรจึงได้ออกกฎหมายกำหนดให้มี ผู้สอบบัญชีภาษีอากร โดยให้ตรวจสอบงบการเงินที่ได้รับการยกเว้นการตรวจสอบงบการเงิน โดยอาศัยมาตรา 3 สัตตแห่งประมวลรัษฎากรและประกาศอธิบดีกรมสรรพากรเกี่ยวกับการตรวจสอบและรับรองบัญชี ให้ออกคำสั่งกรมสรรพากรที่ ท.ป. 98/2544 กำหนดให้มีการจัดการทดสอบเพื่อเป็นผู้สอบบัญชีภาษีอากร ให้เป็นผู้ตรวจสอบและรับรองบัญชีตามประมวลรัษฎากร ซึ่งเดิมทางกรมสรรพากรได้กำหนดไว้ในกฎหมายภาษีอากรประมวลรัษฎากรว่า ให้ผู้สอบบัญชีรับอนุญาตเท่านั้น เป็นผู้ตรวจสอบบัญชีและรับรองงบการเงินตามประมวลรัษฎากร โดยในเบื้องต้น ทางกรมสรรพากรได้ใช้มาตรฐานการสอบบัญชีที่ผู้สอบบัญชีรับอนุญาตใช้ เป็นแนวทางในการกำหนดแนวทางการปฏิบัติงานของผู้สอบบัญชีภาษีอากร ซึ่งหน่วยงานที่รับผิดชอบก็คือ สำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากร กรมสรรพากร
ในปี พ.ศ. 2544 ทางสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากร (มบ.) ได้จัดให้มีการทดสอบเพื่อเป็นผู้สอบบัญชีภาษีอากร ตามคำสั่งกรมสรรพากร ที่ ท.ป. 98/2544 เป็นครั้งแรก และในปีต่อ ๆ มา จากนั้นผู้สอบบัญชีภาษีอากรก็มีจำนวนเพิ่มมากขึ้น คุณอานนท์ โลกานุวัตร ผู้สอบบัญชีภาษีอากร ได้พยายามเสนอแนวคิดการจัดตั้งชมรมผู้สอบบัญชีภาษีอากรขึ้นมา และได้มีผู้สอบบัญชีภาษีอากรจำนวนหนึ่งเห็นด้วย ความคิดนี้ได้กระจายไปยังผู้สอบบัญชีภาษีอากรเป็นวงกว้าง และได้เสนอแนวคิดนี้ไปยังสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากร ซึ่งทางสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากรเห็นชอบด้วย ทางสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากร จึงมีแนวคิดส่งเสริมให้บรรดาผู้สอบบัญชีภาษีอากรรวมตัว โดยให้จัดตั้งชมรมผู้สอบบัญชีภาษีอากร เพื่อจะได้เป็นศูนย์กลางของสมาชิกโดยให้ผู้สอบบัญชีภาษีอากรเป็นสมาชิก และอีกนัยหนึ่งก็คือ เพื่อให้ผู้สอบบัญชีภาษีอากรสะท้อนปัญหาการทำงานต่าง ๆ ของผู้สอบบัญชีภาษีอากรไปยังสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากร กรมสรรพากร โดยให้ทางชมรมผู้สอบบัญชีภาษีอากรเป็นสื่อกลาง เพื่อนำไปพัฒนาผู้สอบบัญชีภาษีอากรให้เป็นที่ยอมรับ และเมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 ผอ.ลัดดา ศุภวิทยา (ผู้อำนวยการสำนักมาตรฐานสอบบัญชีภาษีอากรในขณะนั้น) ได้เป็นสื่อกลางในการเชิญผู้สอบบัญชีภาษีอากรทั่วประเทศมาประชุมปรึกษาหารือเกี่ยวกับการจัดตั้งองค์กรของผู้ประกอบวิชาชีพผู้สอบบัญชีภาษีอากร ซึ่งมีผู้เข้าร่วมประชุมจำนวน 93 คน มติในที่ประชุมเห็นชอบในหลักการที่จะมีการรวมตัวกันของผู้สอบบัญชีภาษีอากร ในรูปแบบของชมรมหรือสมาคม จึงได้มีการแต่งตั้งผู้แทนจำนวน 33 คน โดยมี นาวาอากาศเอกธัชชัย จินต์แสวง เป็นหัวหน้าคณะทำงานร่วมกันพิจารณาการจัดตั้งองค์กร ร่างระเบียบข้อบังคับและดำเนินการจดทะเบียนให้ถูกต้องตามกฎหมายต่อไป คณะทำงานได้มีการประชุม ร่างข้อบังคับและดำเนินการจดทะเบียนในนาม“ สมาคมผู้สอบบัญชีภาษีอากร” ต่อกรมการปกครอง และได้รับจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลตามทะเบียนเลขที่ จ.4640/2550 เมื่อวันที่ 18 ตุลาคม 2550
หลังจากจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลแล้ว คณะกรรมการผู้ก่อตั้งสมาคมได้มีมติเรียกประชุมสมาชิกสมาคม ในวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2551 ณ ห้องประชุมใหญ่ กรมสรรพากร ที่ประชุมมีมติให้เลือกตั้งกรรมการบริหารสมาคม ซึ่งกรรมการบริหารชุดแรกของสมาคมผู้สอบบัญชีภาษีอากรมีจำนวน 15 คน
เมื่อวันที่ 20 ตุลาคม 2556 ที่ประุชุมใหญ่สามัญสมาชิกได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อสมาคมเป็น “สมาคมผู้สอบบัญชีภาษีอากรแห่งประเทศไทย”
โดยมีรายนามนายกสมาคมในแต่ละคณะกรรมการดังต่อไปนี้
- นาวาอากาศเอกธัชชัย จินต์แสวง พ.ศ. 2551 – พ.ศ. 2553
- นาวาอากาศเอกธัชชัย จินต์แสวง พ.ศ. 2553 – พ.ศ. 2555
- นายสุริยะ ธีรวัฒนสาร พ.ศ. 2555 – ปัจจุบัน